Vnitřní audit systému slouží k prověření, zda jsou všechny pokyny systému HACCP dodržovány v plném rozsahu a zda nedochází k pochybení. Četnost auditu se pohybuje v rozmezí 1-2x ročně.

Hlavním cílem systému HACCP je produkovat a podávat strávníkům zdravotně nezávadné pokrmy, proto je nezbytné provést audit opatření, aby se ověřilo, že vše správně funguje. Provoz prochází v průběhu času vývojem a tak je případně třeba také zohlednit změny, které se během roku v provozu udály.

V podstatě se jedná o hodnocení systému kritických bodů a jeho shody s plánem. Audit provádí odborně způsobilá nezávislá osoba, která se běžně v provozu nepohybuje. Výstupem auditu je hodnocení obsahující případný popis neshod. Pokud je třeba navazuje na něj školení personálu daného provozu aby došlo k nápravě pochybení, odstranění závad a provoz mohl fungovat bez zdravotních rizik.