Systém HACCP je povinnost nejen zavést, ale již zavedený systém je nezbytné udržovat a průběžně aktualizovat. Protože každý provoz prochází v čase vývojem, je nezbytné všechny změny zapracovat do příručky systému HACCP. Jinými slovy příručka systému kritických a kontrolních bodů musí vždy odpovídat aktuálnímu stavu dané provozovny.